一．项目受理部
　　统一受理创新基金项目申请并对申请项目材料进行初步审查；
　　负责编制创新基金年度支持重点和工作指南；
　　负责创新基金专家库的建设、管理工作和专家委员会的联系工作。

二．项目审理部
　　负责委托或组织有关中介机构、专家进行创新基金项目的立项评估、评审、招标及专家
　　咨询工作，并提出立项建议；
　　研究提出有关创新基金项目的评估、评审、招标标准及中介机构的资格条件。

三．信息监理部
　　负责对项目的立项及实施过程进行监理并组织项目验收；
　　负责对创新基金整体实施进展、实施效果进行评价，并提出创新基金年度执行情况报告；
　　负责创新基金的信息管理、信息咨询及信息开发工作；
　　负责受理外界对创新基金有关问题的投诉。

四．计划财务部
　　负责制订并协调落实创新基金年度工作计划；
　　负责提出创新基金项目建议意见，经报批后，编制及下达创新基金项目执行计划，并负
　　责与项目承担单位签订项目合同；
　　负责财务管理工作，并联系有关金融机构落实项目贷款